Podpis pięciu genów i wyniki kliniczne w niedrobnokomórkowym raku płuc ad

Przebadaliśmy zamrożone próbki tkanki raka płuca od 125 losowo wybranych pacjentów, którzy przeszli chirurgiczną resekcję NSCLC w Szpitalu Weteranów Weterynarii w Taichung w okresie od grudnia 1999 do grudnia 2003. Spośród tych 125 próbek, 60 było gruczolakorakami, 52 były rakami płaskokomórkowymi, i 13 było innymi rodzajami raka. Dokonaliśmy walidacji modelu prognozowania ryzyka pięciu genów przy użyciu niezależnej kohorty 60 losowo wybranych pacjentów, którzy przeszli chirurgiczną resekcję NSCLC w Szpitalu Weteranów Weterynarii w Taichung w okresie od listopada 1999 r. Do grudnia 2003 r. Pacjenci nie otrzymywali chemioterapii uzupełniającej. Badanie zostało zatwierdzone przez instytucjonalną komisję rewizyjną szpitala. Pisemną świadomą zgodę uzyskano od wszystkich pacjentów. Analiza mikromacierzy komplementarnego DNA
Geny 672 związane z inwazyjną aktywnością, zidentyfikowane w poprzednim badaniu przez naszą grupę, 18 zostały ponownie przedstawione w dwóch powtórzeniach na membranie nylonowej. Izolowaliśmy 4 .g całkowitego RNA z każdej próbki, amplifikowano za pomocą zestawu do amplifikacji (Ambion) i znakowano go digoksygeniną podczas odwrotnej transkrypcji.21 Szczegóły przygotowania celu, hybrydyzacji, opracowania koloru, analizy obrazu i kwantyfikacji punktowej zostały opisane wcześniej.18,21,22
Analiza RT-PCR
W celu walidacji poziomów ekspresji genów znalezionych w analizie mikromacierzy przeprowadzono RT-PCR na 16 genach i kontrolnym genie dla białka wiążącego się z TATA-box (TBP), z użyciem specyficznych sond TaqMan i zestawów starterów; transkrypty amplifikowano za pomocą odczynnika (TaqMan One-Step RT-PCR Master Mix Reagent, Applied Biosystems) i systemu detekcji sekwencji (ABI Prism 7900HT, Applied Biosystems). Ekspresję genu oznaczono ilościowo w odniesieniu do ekspresji TBP za pomocą oprogramowania do detekcji sekwencji i metody względnej kwantyfikacji (Applied Biosystems) (szczegółowe informacje znajdują się w części Metody dodatku dodatkowego, dostępnej wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie www .nejm.org). Wybraliśmy TBP jako wewnętrzną kontrolę RT-PCR w czasie rzeczywistym, ponieważ jest niezmienna w klinicznych próbkach nowotworowych
Analiza statystyczna
125 próbek zostało losowo przydzielonych do zestawu treningowego lub zestawu testowego (patrz Tabela Dodatku Uzupełniającego). Oceniono średnią intensywność każdego genu w mikromacierzy. Aby zmniejszyć zmienność między mikromacierzami, wartości intensywności dla próbek w każdej mikromacierzy zostały przeskalowane za pomocą metody normalizacji kwantowej.24 W celu zmniejszenia szumu tła, wartości natężenia tła mniejsze niż 3000 zostały przypisane wartości 3000,22. Każda wartość intensywności została następnie zarejestrowana. przekształcona na skalę podstawową-2. Geny o współczynnikach zmienności mniejszych niż 3% zostały wyłączone z dalszych analiz. Wreszcie, wartości intensywności ekspresji genu zostały przekształcone na porządkowe wartości kodowania, zgodnie z rankingiem poziomu ekspresji genów wśród 485 genów u 125 pacjentów (60 625 obserwacji). Wartość intensywności zakodowano jako dla poziomów ekspresji sklasyfikowanych jako 25 lub poniżej 25 percentyla całkowitej ekspresji genu, 2 dla poziomów powyżej 25 i dla 50 lub poniżej 50 percentyla, 3 dla poziomów powyżej 50 i dla 75 lub poniżej 75. percentyle i 4 dla poziomów powyżej 75 percentyla.
Współczynniki zagrożenia z jednozmiennej analizy regresji Coxa zastosowano do określenia, które geny były związane ze śmiercią z jakiejkolwiek przyczyny lub nawrotu raka
[więcej w: szynowanie zębów włóknem szklanym, enel med rejestracja online, rajeckie teplice baseny ]
[hasła pokrewne: jak wytępić wszy, akashanet, nfz opole sanatoria lista oczekujących ]