Podpis pięciu genów i wyniki kliniczne w niedrobnokomórkowym raku płuc cd

Geny ochronne zdefiniowano jako geny związane ze współczynnikiem ryzyka śmierci poniżej 1; geny ryzyka zdefiniowano jako związane ze współczynnikiem ryzyka śmierci powyżej 1). Zastosowaliśmy analizę jednowymiarowej Cox-proporcjonalnej analizy regresji w celu oceny związku między przeżyciem a poziomem ekspresji każdego genu z analizy mikromacierzy.25 Dla genów, które były znacząco skorelowane z przeżyciem, wykorzystaliśmy liniową kombinację wartości kodujących ekspresję genu, ważoną przez współczynniki regresji, aby obliczyć ocenę ryzyka dla każdego pacjenta.6,10 Podpis 16-genowy
Oceny ryzyka obliczono dla 16 genów. Wynik ryzyka pacjenta obliczono jako sumę poziomów ekspresji każdego genu, mierzoną za pomocą analizy mikromacierzy, pomnożoną przez odpowiednie współczynniki regresji (patrz sekcja Metody w dodatkowym dodatku). Pacjentów sklasyfikowano jako posiadających sygnaturę genu wysokiego ryzyka lub sygnaturę genu niskiego ryzyka, z 50. percentylem (medianą) wyniku ryzyka jako wartością progową (mediana, 4,9; zakres, 1,3 do 21,9). Mediana wyniku ryzyka została wybrana jako wartość progowa, aby odzwierciedlić fakt, że prawie połowa pacjentów z wczesnym stadium NDRP nawraca w ciągu 5 lat po potencjalnie leczniczej operacji2, a także w celu wyeliminowania efektu skrajnych wartości w kohorcie szkoleniowej, zapewniając to w grupach wysokiego ryzyka i niskiego ryzyka była taka sama liczba pacjentów. Ocena ryzyka i wartość progowa uzyskane z kohorty szkoleniowej nie zostały ponownie ocenione, ale zostały zastosowane bezpośrednio do kohorty testowej.
Podpis pięciu genów
Poziomy ekspresji 16 genów zostały potwierdzone za pomocą RT-PCR i zindeksowane za pomocą testu korelacji rang Spearmana.26 Z tych 16 genów zidentyfikowaliśmy pięć genów, które były znacząco związane z przeżyciem. Poziomy ekspresji tych pięciu genów, zmierzone za pomocą RT-PCR, zostały użyte do skonstruowania drzewa decyzyjnego rekurencyjnego podziału.27,28 Oprogramowanie Avadis 29, 30 (Strand Genomic) zostało następnie użyte do klasyfikacji pacjentów jako pacjentów wysokiego ryzyka. podpis genów lub sygnatura genu niskiego ryzyka na podstawie drzewa decyzyjnego.
Nasze uzasadnienie użycia drzewa decyzyjnego opartego na RT-PCR, a nie na analizie mikromacierzy, było praktyczne. RT-PCR wykorzystuje niewielką liczbę genów do wychwycenia odpowiedniej struktury współzmiennej, szczególnie złożoną interakcję i nieliniowość poziomów ekspresji genów.28 W naszym drzewie rozdzielania jednowymiarowego użyto tylko jednego z pięciu genów, aby podjąć decyzję podziału na każdy węzeł pośredni. Aby uniknąć przeuczenia, użyliśmy metody przycinania o nazwie błąd minimalny (patrz sekcja Metody i Rysunek Dodatkowego dodatku).
Do oszacowania całkowitego przeżycia i przeżycia bez nawrotów zastosowano metodę Kaplana-Meiera. Różnice w przeżyciu pomiędzy grupą wysokiego ryzyka a grupą niskiego ryzyka analizowano za pomocą testu log-rank. Do analizy niezależnych czynników prognostycznych związanych z przeżyciem wykorzystano wieloczynnikową analizę regresji proporcjonalnego hazardu Coxa z krokową selekcją, a jako zmienne towarzyszące wykorzystano sygnaturę pięciu genów, wiek, płeć, stadium nowotworu i cechy histologiczne. Stwierdzono, że wartość AP mniejsza niż 0,05 wskazuje na istotność statystyczną, a wszystkie testy były dwustronne.
Zbadaliśmy także niezależną grupę 60 pacjentów, którzy przeszli chirurgiczną resekcję NSCLC w Szpitalu Weteranów Weterynarii w Taichung w okresie od listopada 1999 r. Do grudnia 2003 r.
[przypisy: lek bez recepty na nerwicę, rezonans magnetyczny prywatnie cena, parafia łososina górna ]
[więcej w: parafia łososina górna, metypred ulotka, herbatka koperkowa dla niemowląt ]