Podpis pięciu genów i wyniki kliniczne w niedrobnokomórkowym raku płuc czesc 4

Ta kohorta została wykorzystana do walidacji naszego modelu prognozowania ryzyka pięciu genów. Aby dodatkowo zweryfikować nasz model, zastosowaliśmy go do danych z mikromacierzy 86 pacjentów z NSCLC, zgłoszonych przez Beer i wsp. 10 (dostępne na stronie http://dot.ped.med.umich.edu:2000/ourimage/pub/Lung/ index.html). Pięć genów (i odpowiadające im zestawy sond Affymetrix) to DUSP6 (X93920_at), MMD (X85750_at), STAT1 (M97936_at), ERBB3 (S61953_at) i LCK (M26692_s_at); genem kontrolnym był TBP (X54993_s_at). Aby poziomy ekspresji genów z mikromacierzy i RT-PCR były porównywalne, przekształciliśmy logikę danych mikromacierzy na skalę podstawową 2 po przypisaniu wartości 1,1 do wartości intensywności poniżej 1,1. Po transformacji logów poziomy ekspresji pięciu genów podzielono przez poziom ekspresji kontrolnego genu TBP w celu obliczenia względnego poziomu ekspresji. Zastosowaliśmy model drzewa decyzyjnego do tych względnych poziomów ekspresji, wykorzystując dane od 86 pacjentów z NSCLC.10 Ponieważ maksymalny czas obserwacji w analizie przeżycia w naszym badaniu wynosił 62 miesiące, wykorzystaliśmy 5-letnie dane dotyczące przeżycia dla 86 pacjentów.
Wyniki
16-Gene Signature i Survival
Tabela 1. Tabela 1. Wskaźniki zagrożenia dla śmierci z dowolnej przyczyny dla 125 pacjentów z NSCLC i wyniki walidacji podpisu z 16 genami. W analizie mikromacierzy guzów od 125 pacjentów 485 z 672 genów miało współczynnik zmienności większy niż 3% i dlatego zostały włączone do analiz. Współczynniki zagrożenia z jednoczynnikowej analizy regresji Coxa wykazały, że poziomy ekspresji 16 genów korelowały ze śmiercią z dowolnej przyczyny: 4 to geny ochronne (związane z hazardem mniejszym niż 1) i 12 to geny ryzyka (związane ze współczynnikiem ryzyka) więcej niż (Tabela 1).
Rysunek 1. Rycina 1. Podpis 16-genów i przeżycie 125 pacjentów z NSCLC. Panel A pokazuje profile ekspresji genów w próbkach nowotworu (zgodnie z pokazaną skalą kolorów); każda kolumna reprezentuje indywidualnego pacjenta. Wielkość odpowiadających wyników ryzyka jest reprezentowana przez nachylenie czerwonego trójkąta. Pokazano również szacunkowe wartości Kaplana-Meiera całkowitego przeżycia bez nawrotów zgodnie z 16-genową sygnaturą mikromacierzy w kohorcie treningowej (panel B) i kohortą testową (panel C).
Tabela dodatku dodatkowego zawiera listę cech 125 pacjentów w pierwszej analizie. Spośród 63 pacjentów w kohorcie szkoleniowej guzy z ocenami wysokiego ryzyka wyrażały geny ryzyka, podczas gdy guzy z ocenami niskiego ryzyka wyrażały geny ochronne (Figura 1A). Pacjenci z 16-genową sygnaturą wysokiego ryzyka mieli niższy medianę całkowitego przeżycia niż ci z sygnaturą 16-genową niskiego ryzyka (20 miesięcy, a nie osiągniętymi) (Figura 1B). Nowotwory z sygnaturą genu wysokiego ryzyka były związane z niższym przeżyciem bez nawrotów choroby niż guzy z sygnaturą genu niskiego ryzyka (12 miesięcy, a nie osiągnięte) (Figura 1B). Mediana czasu obserwacji w kohorcie szkoleniowej wynosiła 20 miesięcy.
Wyniki w kohorcie testowej były podobne do wyników z kohorty szkoleniowej. Spośród 62 pacjentów nowotwory o wysokim ryzyku wyrażały geny ryzyka, natomiast guzy o niskim ryzyku wyrażały geny ochronne (rysunek 1A)
[przypisy: lekarz stomatolog a lekarz dentysta, apteka internetowa tanie leki, wzór recepty dla seniora ]
[przypisy: parafia wolica tokarnia, parafia wiry, parafia zyrakow ]