Podpis pięciu genów i wyniki kliniczne w niedrobnokomórkowym raku płuc

Obecne metody klasyfikacji są niewystarczające do przewidywania wyniku leczenia niedrobnokomórkowego raka płuca (NSCLC). Opracowaliśmy pięcio- genową sygnaturę, która jest ściśle związana z przeżyciem pacjentów z NSCLC. Metody
Wykorzystaliśmy generowane komputerowo liczby losowe do przypisania 185 zamrożonych próbek do analizy mikromacierzy, analizy łańcuchowej polimerazy z odwrotną transkryptazą (RT-PCR) w czasie rzeczywistym lub do obu. Badaliśmy ekspresję genową w zamrożonych próbkach tkanki raka płuca 125 losowo wybranych pacjentów, którzy przeszli chirurgiczną resekcję NSCLC i ocenili związek między poziomem ekspresji i przeżyciem. Wykorzystaliśmy ocenę ryzyka i analizę drzewa decyzyjnego, aby opracować model ekspresji genów do prognozowania wyniku leczenia NSCLC. Do walidacji wykorzystano losowo przydzielone próbki od 60 innych pacjentów.
Wyniki
Szesnaście genów, które korelują z przeżyciem wśród pacjentów z NSCLC zidentyfikowano poprzez analizę danych z mikromacierzy i ocenę ryzyka. Wybraliśmy pięć genów (DUSP6, MMD, STAT1, ERBB3 i LCK) do analizy RT-PCR i analizy drzewa decyzyjnego. Podpis pięciu genów był niezależnym czynnikiem prognostycznym wolnego od nawrotów i całkowitego przeżycia. Dokonaliśmy walidacji modelu z danymi pochodzącymi od niezależnej kohorty 60 pacjentów z NSCLC oraz z zestawem opublikowanych danych mikromacierzy 86 pacjentów z NSCLC.
Wnioski
Nasz pięciogłowy sygnatura jest ściśle związany z wolnym od nawrotów i całkowitego przeżycia wśród pacjentów z NSCLC.
Wprowadzenie
Rak płuca – głównie niedrobnokomórkowy rak płuc (NSCLC) – jest najczęstszą przyczyną zgonów z powodu raka na całym świecie.1 Wskaźnik nawrotu u pacjentów z wczesnym stadium NDRP wynosi 40% w ciągu 5 lat po potencjalnym leczeniu. obecny system klasyfikacji NSCLC jest niewystarczający do przewidywania wyniku leczenia.
Profilowanie ekspresji genów (patrz słowniczek) za pomocą mikromacierzy3,4 i reakcji łańcuchowej polimerazy odwrotnej transkryptazy (RT-PCR) 5,6 jest przydatne do klasyfikowania nowotworów i formułowania prognozy dla pacjentów z różnymi rodzajami raka, 7-9 włącznie rak płuc.10-16 Wykorzystanie mikromacierzy w praktyce klinicznej jest jednak ograniczone przez dużą liczbę genów użytych w profilowaniu genów, 17 potrzebę skomplikowanych metod oraz brak zarówno odtwarzalności, jak i niezależnej walidacji. Geny wybrane do profilowania w badaniach nad rakiem płuc różniły się znacznie; tylko kilka genów zostało konsekwentnie uwzględnionych.10-13 Ponadto profile ekspresji genów mogą się różnić w zależności od platformy mikromacierzy i stosowanej strategii analitycznej.6
Metodę RT-PCR można zastosować do próbek patologicznych zatopionych w parafinie, która jest powtarzalna i stosowana w praktyce klinicznej. Jednakże RT-PCR może być użyty do analizy tylko niewielkiej liczby genów.17 W poprzednim badaniu, nasza grupa przeprowadziła analizę mikromacierzy linii komórkowych pochodzących z próbek inwazyjnego NSCLC i zidentyfikowała 672 genów związanych z aktywnością inwazyjną.18 Zidentyfikowaliśmy również geny (CRMP-1 i HLJ1), które są związane z klinicznym wynikiem leczenia pacjentów z NSCLC.19,20 Ostatnie badania wykazały, że wyniki analizy RT-PCR ośmiu genów korelowały z wynikami pacjentów z gruczolakorakiem płucnym.5
W bieżącym badaniu zbadaliśmy ekspresję genów w 125 próbkach chirurgicznych NSCLC, stosując mikromacierze i RT-PCR w czasie rzeczywistym, aby zidentyfikować sygnaturę genu skorelowaną z wynikiem klinicznym.
Metody
Pacjenci i próbki tkanek
Wykorzystaliśmy generowane komputerowo liczby losowe do przypisania próbek od 185 kolejnych pacjentów do analizy mikromacierzy
[więcej w: dentysta kraków ruczaj, terapia poznawczo behawioralna warszawa, dermatolog na nfz kraków ]
[przypisy: halitoza wikipedia, trifas, parafia babiak ]